Depuis tout temps, sous l'effet de la douleur, les hommes ont le réflexe d'apposer leurs mains et de masser la zone sensible afin d'apaiser la douleur. En effet, qui ne s'est jamais frotté la tête après s'être cogné ? Nous avons tous (ou presque) le réflexe de se frotter pour calmer la douleur.

Le Shiatsu n'apparait qu'au début du XXème siècle. C'est en 1912, à l'âge de 7 ans, que le grand maître Tokujiro Namikoshi découvrit que les pressions manuelles avaient pour effet de soulager la fatigue et les douleurs articulaires qui perturbaient la santé de sa mère.
En effet, la famille Namikoshi quitta le climat chaud de la mer de Seto pour rejoindre le cadre austère de l'île d'Hokkaido. Le voyage fut pénible car les conditions de transport de l'époque étaient difficiles. De plus, ce déplacement changea leur façon de vivre.

La mère de Tokujiro fut prise de douleurs multiples qui empirèrent de jours en jours. Dans le village où ils vivaient, il n'y avait pas de médecins. C'est pourquoi les enfants commencèrent à masser leur mère tour à tour. Tokujiro avait les meilleures dispositions, sous l'effet de ses mains, l'état de santé de sa mère s'améliora rapidement.

En se basant sur cette expérience et après de longues années d'études et de recherches, Tokujiro Namikoshi mit au point la thérapie Shiatsu. Il ouvrit le premier institut en 1925 et créa la fondation Japonaise de Shiatsu en 1940.

C'est en 1957 que le Shiatsu fut reconnu officiellement par le ministère de la santé Japonais. En Europe, il faudra attendre 1997 pour que cette pratique soit reconnue par le parlement Européen comme l'une des huit médecines non conventionnelles les plus efficaces.